A rentabilidade dos Sistemas Silvipastoris, que prevê a integração da pecuária com o cultivo de florestas, pode ser aumentada se forem utilizadas espécies adequadas à condição ambiental local e que tenham madeira nobre, de alto valor econômico. A escolha da espécie é fundamental e exige conhecimentos. Normalmente, quando a destinação da madeira é voltada para a siderurgia, produção de papel e celulose, ou o produtor tem mais pressa em obter alguma renda com sua floresta, a planta utilizada é o eucalipto. Porém, se o interesse for outra planta, que garanta madeira mais nobre, existem outras opções. Segundo Alex Marcel Melott, biólogo, mestre em Biologia Vegetal pela UFMS, doutorando em Agronomia pela UFGD, e que atualmente faz estágio na Embrapa Gado de Corte, em Campo Grande, se as condições buscadas são de madeiras mais nobres e maior rentabilidade, elas são encontradas em espécies nativas que geralmente têm crescimento lento quando plantadas a sol pleno. No entanto, fornecem madeira de alta qualidade, geralmente utilizada na movelaria fina, na construção naval entre outros fins. Ele explica que a escolha das espécies arbóreas para compor o sistema pode significar um risco em processos silvipastoris. Nesse contexto, estariam inclusos problemas associados ao plantio de espécies agronomicamente inadequadas, devido à suscetibilidade futura a doenças e pragas, potencial invasivo, ou ao efeito deletério que poderiam causar à pastagem, citando como exemplos o excesso de sombreamento, deposição excessiva de serrapilheira, ou efeito alelopático. Também há casos de espécies, como a seringueira, que embora de boa rentabilidade, não serve para o sistema silvipastoril pois o gado certamente iria começar a lamber o látex produzido pela planta, de sabor adocicado, com prejuízos tanto para os animais como para a floresta. Ademais, haveria ainda o risco associado ao plantio de espécies que pudessem se tornar economicamente desinteressantes com o passar do tempo. Isso ocorreria por causa de mudanças no potencial de comercialização de seus produtos (mudanças na preferência de mercado), ou até mesmo devido a eventuais restrições ambientais para a exploração, como o corte dessa ou daquela árvore.